ในโยไควอทช์ ชาโดว์ไซด์จะมีเนื้อหาเป็นตอนยาว และมีเนื้อหาที่จบในตอน และมีเนื้อเรื่องบางช่วงที่จะมีเนื้อหาต่อเนื้องกันหลายๆตอน ซึ่งแตกต่างจากภาคแรกที่มีเนื้อหาเป็นแก๊กอนิเมะ โดยหลังจากเนื้อเรื่องของภาพยนตร์ "โยไควอทช์ ชาโดว์ไซด์ โอนิโอ โนะ ฟุคัทสึ" นัตสึเมะ โทมะ และอากิโนริได้ก่อตั้งสำนักงานนักสืบโยไค โดยที่จะสืบสวนเรื่องราวที่ผิดปกติที่เกิดขึ้นในเมืองที่มีโยไคเกี่ยวข้องในเหตุการณ์